N'ayant rien à perdre, le jeune homme tente le tout pour le tout dans la deuxième manche et réalise un meilleur score que le champion olympique en titre, le Tchèque Lukáš Pollert. Martikan devient ainsi le tout premier champion olympique slovaque.
Un sans faute dans la deuxième manche
Ayant fini parmi les premiers lors de chaque grande compétition et de chaque épreuve de Coupe du monde, le jeune Slovaque est donné favori pour les Jeux Olympiques en 2000. À Sydney, il totalise le meilleur score dans les éliminatoires, mais n'est que cinquième à l'issue de la première manche de la finale. Dans la deuxième manche, il effectue un parcours sans faute, réalisant à cette occasion le meilleur temps, ce qui lui permet de remonter à la deuxième place au classement et de décrocher l'argent derrière le Français Tony Estanguet.
Un touché en argent
Lors de sa troisième participation olympique, en 2004 à Athènes, Martikan est une fois de plus en tête dans les éliminatoires. Il enregistre également le score le plus élevé dans la demi-finale, qui fait office de première manche pour la finale. À l'issue de la deuxième manche (finale), tout porte à croire que le Slovaque a reconquis son titre de champion olympique, mais un enregistrement vidéo révèle qu'il a touché une porte. Il finit donc deuxième, à douze centièmes de point d'Estanguet.
Au sommet de son art
Pour ses quatrièmes Jeux Olympiques à Beijing en 2008, le canoéiste slovaque est toujours un sérieux prétendant au titre olympique. Il est même au sommet de son art : il réalise en effet le meilleur temps de trois des quatre manches (séries, demi-finale et finale). Douze ans après sa médaille d’or à Atlanta, Michal Martikan remporte son deuxième titre olympique.
Il est le seul spécialiste du slalom en canoë à avoir remporté trois médailles olympiques.