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Onze villes s'étant déclarées intéressées par l'accueil des Jeux Olympiques d'été de 2004 - Athènes, Buenos Aires, Le Cap, Istanbul, Lille, Rio de Janeiro, Rome, San Juan, Séville, Saint-Pétersbourg et Stockholm (citées par ordre alphabétique), le Comité International Olympique (CIO) décida en 1994, lors de sa 102e Session, de diviser en deux phases la procédure d'élection de la ville hôte.

Au cours de la première phase, la commission d'évaluation pour les Jeux Olympiques de 2004, composée de membres du CIO, de représentants des Fédérations Internationales (FI), des Comités Nationaux Olympiques (CNO) et des athlètes, ainsi que de spécialistes d'autres domaines clés, fut chargée d'étudier les candidatures des onze villes, d'inspecter les sites et de rédiger un rapport. Sur la base de ce rapport, un collège de sélection, formé des membres de la commission exécutive du CIO (à l'exclusion des ressortissants des pays présentant une candidature), d'un représentant des FI, des CNO et des athlètes, ainsi que du président de la commission d'évaluation et du doyen des membres du CIO, se vit confier la tâche de choisir un certain nombre de villes finalistes. Cinq villes furent retenues sur les onze candidates initiales : Athènes, Buenos Aires, Le Cap, Rome et Stockholm.

Au cours de la deuxième phase, les membres du CIO eurent la possibilité de visiter les villes finalistes avant de voter. Ce vote eut lieu à bulletins secrets lors de la 106e Session du CIO. À chaque tour de scrutin, les membres ne devaient voter que pour une seule ville. Selon les règles établies, si aucune ville n'obtenait la majorité absolue des suffrages exprimés après le premier tour, il était prévu d'éliminer la ville ayant recueilli le moins de voix et de procéder à autant de tours que nécessaire jusqu'à l'obtention de cette majorité par une ville. Toutefois, si deux villes seulement restaient en compétition, celle obtenant le plus grand nombre de voix était déclarée élue.

Le 5 septembre 1997, lors de la 106e Session à Lausanne, Athènes fut élue ville hôte des Jeux de la XXVIIIe Olympiade en 2004.